舰船是水战系统的核心要素，合理运用不同类型的船只直接影响战局走向。游戏内舰船分为走舸、蒙冲、斗舰、楼船四种，每种船只拥有独特的特性和战术定位。走舸作为基础舰船无需建造即可使用，但性能较弱；蒙冲侧重攻击性，适合快速突袭；斗舰属性均衡，适合常规作战；楼船则强化防御与攻城能力，是推进战线的关键。解锁船坞后可通过升级解锁高级舰船的中级和高级特性，这些特性将显著提升水战效率。需舰船被击毁后需重新建造，因此需合理规划资源分配。
水军兵种适性是另一项重要机制，武将初始水军适性可能较低，但通过提升船坞等级可全员达到A级适性。适性等级直接影响水上战斗时的属性加成，S适性可提供5%全属性增益。因此优先培养主力队伍的水军适性至关重要，尤其对于魏国等初始适性较弱的阵营。舰船与水军适性结合后，队伍在水域行军速度和战斗表现将产生质变，这是赤壁剧本区别于其他赛季的核心策略点。
旗舰系统为同盟提供了战略级支援能力。占领港口后可委任大都督建造旗舰，旗舰不仅能自动恢复守军，还能为周围友军提供士气恢复加成。但旗舰一旦被摧毁会导致全盟士气下降，因此需重点保护。同盟秘策焚舟炬敌可让蒙冲获得自毁式攻击指令，在关键时刻能对敌舰群造成毁灭性打击。旗舰与秘策的配合使用，往往能扭转水域控制权的争夺态势。
火攻与风向系统进一步丰富了水域战术。通过观察右下角风向提示，可选择最佳时机引燃敌阵，火势会随风向蔓延并造成持续伤害。火焰强度分为烈火、炎火、煴火三级，燃烧时间与蔓延范围各异。在强风状态下使用联盟锦囊风威燎原可主动改变风向，实现类似历史上借东风的战术效果。同时需警惕敌人对己方建筑的火攻，及时组织灭火以降低损失。
礁石会阻断部分航道，而水军营地作为战略支点允许快速调动部队。锚地作为高级资源点需优先争夺，但其守军强度较高，建议集结精锐攻打。瞭望塔能提供关键视野，提前发现敌军动向。在进攻港口时，建议混合编组楼船部队与器械，利用楼船的岳峙特性提升25%攻城值，可大幅缩短攻占时间。
赤壁之战剧本要求玩家在水战体系中建立全新认知。从舰船选择、适性培养到旗舰运营、火攻时机，每个环节都需精细规划。水域控制权的争夺往往需要同盟成员协同执行多线作战，因此明确分工和即时沟通尤为重要。只有将舰船特性、水域机制与同盟策略深度融合，才能在长江天堑的战场上重现樯橹灰飞烟灭的经典战例。
